花冠颜色为白色并带有紫色斑纹，呈二唇型，上唇二裂，下唇三浅裂。
穿心莲属于爵床科植物，为一年生草本植物，地上部分茎直立生长，可达九十至一百厘米，茎呈节状，节端略有膨大，各个节连接处容易折断，茎成四方形，绿色，横截面髓部为白色，横截面直径可达一厘米。
主茎上有交互对生的分枝，叶片对生于茎节的两侧，叶柄略长，叶片边缘整齐无锯齿，叶片为网状叶脉，整体呈两端尖尖的卵圆形，个别品种呈现柳叶状的披针形。叶片正反两面颜色略有差异，叶片正面呈鲜绿色，背面略带灰白。
穿心莲的花期在每年九至十月，总状花序顶生或腋生，穿心莲果期在十至十一月，果子为长椭圆形的扁形蒴果，每颗果子中含有十二颗种子，种子总体形状为长方形。
繁殖方式：
育苗移栽法法或直播法，龙以育苗移栽法为主。