银杏雌雄异株，罕见雌雄同株。球花单生于短枝的叶腋；雄球花成葇荑花序状，雄蕊多数，各有两花药；雌球花有长梗，梗端常分两叉，叉端生一有盘状珠托的胚珠，一个胚珠发育成种子。
银杏种子，核果状，具长梗，下垂，呈椭圆形、长圆状倒卵旁前形、卵圆形或近球形，长2.5厘米至3.5厘米，直径1.5厘米至2厘米。银杏的种子有肉质假种皮、骨质中种皮和和膜质内种皮3层种皮，中简袭间包裹着胚和胚乳。中种皮为白色的硬壳，因此俗称“白果”。银杏种子成熟时呈淡黄色或橙黄色。银杏一般3月下旬至4月上旬萌动展叶，4月上旬至中旬开花，9月下旬至10月上旬种子成熟，10月下旬至11月落叶。银杏寿命长，幼树生长较慢，发芽性很强。雌株一般20年左右才开始结实，500年树龄的银杏运咐清仍能正常结实。
银杏树的果实